بحث از هویت فلسفه اسلامی با این عنوان که آیا واژه فلسفه اسلامی عنوانی خود متناقض است یا خیر؟ همواره بحثی درباره رابطه فلسفه با اسلام را نیز به دنبال خود داشته است ؛ زیرا همانگونه که در مقدمه گذشت بعضی روش اسلامی را که متکی بر وحی و تعبد بود منافی با روش فلسفی که مبتنی بر عقل مستقل است دانستهاند؛ از این رو به خاطر این مناقشات و اهمیت این مسئله، بحث از هویت فلسفه اسلامی همیشه با بحث از رابطه فلسفه و اسلام همراه بوده است؛ گو اینکه تحقیق درباره هویت فلسفه اسلامی بدون بحث از رابطه فلسفه با اسلام کامل نیست.
اینکه فلسفه یونانی توانست وارد دنیای اسلامی شود اما در ملل دیگر و بعضی از کشورهای آن زمان وارد نشد دقیقا به خاطر زمینه و ضرورتی بود که تعلیمات اسلامی آن را فراهم کرده بود و الا فلسفه یونانی ترجمه نمیشد و به زبان عربی وارد نمیشد(نصری، 1380، ص140-141). آنچه که از آثار علامه طباطبایی در این رابطه میتوان برداشت نمود این است که با بررسی 3 مطلب میتوان فهمید که رابطه اسلام با فلسفه چگونه است: 1- بررسی آموزههای اسلامی و سایر علل موثر در روی آوردن مسلمانان به فلسفه و تفکر فلسفی و استمرار آن 2- علل رویگردانی بعضی مسلمانان از فلسفه 3- تحلیل اسلام و فلسفه بر محور فطرت انسانی